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重磅发布丨eLife再次公布顶级热点论文可重复性报告

BioArt2019-01-10 13:22:48

去年1月19日,eLife杂志在线出版了5篇重复过去肿瘤生物学领域重要研究论文的报告,这些研究直指过去几年里肿瘤生物学领域广受瞩目的部分研究成果的可重复性非常差。5项重复试验中,只有1篇文章的重复性稍微好一些,尽管很多地方也不算尽如人意;而其它4篇文章的肿瘤相关实验可重复性极差,几乎可以判定,那些所谓新开发的药物或者新鉴定到的靶点并没有起到很明显的作用。尽管这些文章在发表之时曾引起一时轰动,受到很多制药公司的关注,但重复结果令人沮丧,


近日,eLife又发布2篇重复论文的研究报告,加上去年6月份的两篇报告,目前eLife一共发布了9篇可重复性报告,BioArt去年1月份报道了其中5篇,详见BioArt此前的报道:eLife震撼推出5篇论文直指顶级研究可重复性差丨BioArt观察


近日,BioArt整理另外四篇重复性报告如下:


四篇重复性报告的截图


第一篇论文论文2010年发表于Cancer Cell杂志,通讯作者为宾夕法尼亚大学的Craig B.Thompson



2010年的这篇论文是一篇重要的研究论文,谷歌学术显示被引次数超过1100次,是肿瘤代谢近年来的经典论文之一。该研究主要发现,与白血病相关联的异柠檬酸脱氢酶IDH1和IDH2突变的共同特征是改变了将α-酮戊二酸转化为2-羟基戊二酸的酶活性。eLife的重复性报告表明,Craig Thompson领导的这项研究具有很好的重复性,许多关键性的实验都能够很好的重复“These results are similar to those reported in the original study ”,例如R172K突变体IDH2的表达能够增强α-酮戊二酸依赖性NADPH消耗;R172K突变体IDH2的表达导致细胞内2-HG水平增加;突变IDH1或IDH2状态的样本中观察到的2-HG水平高于没有IDH突变的样本中观察到的水平等。


第二篇论文论文2011年发表于Nature杂志,由剑桥大学 Tony Kouzarides等领导完成,目前谷歌学术显示该论文被引次数超过800次



2011年的这篇Nature论文主要报道了抑制BET家族蛋白(主要识别酰化修饰)招募到染色质可以作为一个治疗MLL(mixed lineage leukaemia )融合白血病有效策略。该研究证明了BET家族的一种新型小分子抑制剂GSK1210151A(I-BET151)能够通过诱导早期细胞周期停滞和细胞凋亡,对人和小鼠MLL融合白血病细胞系具有较好的功效。来自eLife的重复性报告表明,Nature发表的这项研究具有一定的可重复性,特别是使用小分子抑制剂I-BET151对于MLL-融合白血病细胞生长抑制的效果。然而,在异种移植MLL小鼠模型中测试I-BET151功效时,研究人员并没有发现统计学上的显著存活差异,而Nature的研究报道中使用I-BET151处理的MLL小鼠的存活期显著增加


第三篇论文2012年发表在Nature杂志上,哈佛医学院Cyril H. Benes等领导该项研究,目前该论文谷歌学术显示被引次数超过1100次



2012年的这篇Nature论文主要报道了通过临床和临床前研究的130多种药物对数百个癌细胞系进行筛选,发现了对癌症治疗敏感的新生物标志物。发现了Ewing'S肉瘤细胞(存在FLI1基因易位)时对PARP的抑制剂的敏感性显著增加。然而来自eLife的重复性报告显示,Ewing肉瘤细胞系总体上比PARP抑制剂olaparib对骨肉瘤细胞系更敏感,但没有统计学意义


第四篇论文2012年发表在Cell杂志上,该论文由Whitehead生物医学研究院Richard Young领导完成,目前该论文谷歌学术显示被引次数超过700次


2012年的这篇Cell论文主要报道了癌基因c-Myc在肿瘤细胞中高表达对整体基因转录调控的影响过程是通过一种“放大器”效应而非单一的靶向调控实现的,c-Myc的致癌性做出了新的解释(值得注意的是,除Richard Young的论文外,当时Cell还背靠背发表了另一篇相似结果的论文,NCI的David Levens与NHLBI的赵可吉合作完成)。eLife的重复性报告中发现,研究人员能够重复部分Cell中的数据,例如统计学上的差异问题,另外和Cell中报道的c-Myc升高对沉默基因没有影响不同,重复性报告中发现c-Myc诱导后处于激活状态和沉默状态的基因的基因表达的统计学都显着增加,只是与沉默状态的基因相比,激活基因的基因表达变化更大。


总结:总的来说,上述四份重复性报告比前一批的5篇报告中表现出的可重复性度要好得多,除了药物敏感性的那篇Nature论文的重复性不太好之外,另外三篇的实验结果整体上是可信的。对于后续eLife发布的重复性报告,BioArt将持续关注。



背景介绍:


2013年,一位名叫Elizabeth Iorns的80后女性肿瘤生物学家(University of Miami Miller School of Medicine助理教授)发起了一项癌症生物领域重复性工程”(Reproducibility Project: Cancer Biology),该工程旨在挑选出2010年至2012年间50篇高影响力的肿瘤生物学相关研究论文,验证这些论文的可重复性(目前由于资金的原因,50篇论文缩减到30篇)。该项工程主要由Elizabeth Iorns创办的Science Exchange (一个科学实验外包平台)联合 Center for Open Science(科学开放中心)完成。


2015年,Science杂志以“The Cancer Test”为题专文报道了“癌症生物领域重复性工程”的由来和设立的背景,其中特别提到一个主要原因可能是因为一些制药公司巨头在重复CNS等顶级杂志中发表的肿瘤相关论文时发现可重复性非常低(Amgen公司的数据表明,53篇顶级肿瘤研究论文只有6篇可以重复;Bayer公司的数据表明有79%的重复失败率)。由于公司和相关实验室签订了保密协议而不能公布他们无法重复的研究,这使得公司显得很被动。


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