邯郸论文组

m6A甲基化整体研究思路:m6A相关SCI论文发表要求分类汇编 | m6A专题

联川生物2019-06-06 01:47:13


RNA甲基化m6A-seq 研究一本通将从m6A是什么,m6A甲基化酶的种类及功能,m6A检测方法汇总,m6A课题设计思路,m6A论文发表梯度推荐,m6A后期验证工具大全到经典案例解析等方面为大家揭开m6A的神秘面纱,每天5分钟,就能从m6A小白入门到高阶提高哦~

往期内容回顾:

RNA碱基修饰以及m6A的前世今生

m6A甲基化酶的种类及功能盘点

m6A甲基化检测方法及优劣势盘点

m6A甲基化的整体研究思路:m6A课题如何设计

今天的文章将围绕m6A甲基化相关SCI论文发表要求展开,详细阐述了不同论文中必不可少的写作内容,一起来学习吧~


1-4 分杂志

实验要求:通常 4 分左右的杂志,标配是转录组测序搭配 m6A-seq,最后通过对 m6A-seq 中的数据和图表进行罗列后就能发表一篇小论文了。这一类杂志和文章的要求通常不会含有太多的后期验证实验,基本上是对测序结果进行罗列展示以及配合 qPCR 或 LC-MS/MS 就差不多了。

实验手段:m6A-seq、 转录组测序/表达谱芯片、 qPCR、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、 小 RNA 测序/小 RNA 芯片(可选)。

推荐杂志:BMC Genomics、RNA Biology 等二区/三区杂志。

参考文献:Tao, X., et al. (2017). Transcriptome-wide N6-methyladenosine methylome profiling of porcine muscle and adipose tissues reveals a potential mechanism for transcriptional regulation and differential methylation pattern. BMC Genomics, 18(1), 336.


5-7 分杂志

实验要求:摆脱了罗列测序结果的粗暴做法,这类分数的杂志会要求加入细胞实验,动物实验为可选方案。 通常的做法是对几种甲基化酶进行敲低、敲除和过表达后,进行一系列的细胞实验。同时对几种感兴趣的靶基因进行 qPCR 和 WB 等验证,并对整体 mRNA 的 m6A 水平进行检测。另外,对几种甲基化酶敲低和过表达后,还可以再用测序或芯片等手段来观察究竟哪些基因或小 RNA 受到了影响。

实验手段:m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、 小 RNA 测序/小 RNA 芯片、 qPCR、 WB、敲低/过表达、动物实验(可选)。

推荐杂志:Cell Death & Disease 等二区杂志。

参考文献:Warda, A. S., et al. (2017). Human METTL16 is a N6-methyladenosine (m6A) methyltransferase that targets premRNAs and various non-coding RNAs. EMBO Reports, e201744940.


10 分上下杂志

实验要求: 7 分杂志的要求再上了一个档次与要求,在前面的基础上需要鉴定出究竟哪些靶基因受到了甲基化酶的调控。然后对这些靶基因进行敲除、敲低和过表达验,观察是否对甲基化酶表达异常的表型能够进行补救。 接下来需要对靶基因上的 motif 进行点突变验证是否真的受到甲基化酶调控。同时 mRNA 在出核速度、半衰期等方面也要进行实验进行佐证。

实验手段:m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小 RNA 测序/小 RNA 芯片、 qPCR、 WB、敲低/过表达、靶基因验证、动物实验(可选)。

推荐杂志:Nature Communications、Nucleic Acids Research、eLife 等一区杂志。

参考文献:Roundtree, I. A., et al. (2017). YTHDC1 mediates nuclear export of N6-methyladenosine methylated mRNAs. eLife,6, e31311.


20 分以上杂志

实验要求:在先前 10 分杂志的基础上加入动物实验。这类文章通常包含几个特点,即物种首次报道,鉴定出新型的蛋白,报道新的通路与机制,阐释临床问题等。这需要研究者们对科学问题有足够的敏感度,在原先的研究基础上进行更加深入的挖掘。

实验手段:m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小 RNA 测序/小 RNA 芯片、 qPCR、 WB、敲低/过表达、靶基因验证、动物实验、临床实验/药物实验。

推荐杂志:Cancer Cell、 Nature Immunology、 Cell 等顶级期刊。

参考文献:Li Z, et al. (2017). FTO plays an oncogenic role in acute myeloid leukemia as a N6-methyladenosine RNA demethylase. Cancer Cell, 31(1), 127.


今天的内容讲完啦,大家记得收藏好慢慢学习哦~

下期预告:RNA 甲基化 m6A 后期验证工具之RNA-RNA/DNA 互作验证及敲低/敲除/过表达


相关阅读推荐


RNA甲基化修饰(1)——m6A概念 | 重磅前沿

RNA甲基化修饰(2)——如何检测m6A | 重磅前沿

RNA碱基修饰以及m6A的前世今生 | m6A专题

m6A甲基化酶的种类及功能盘点 | m6A专题

m6A甲基化检测方法及优劣势盘点  | m6A专题

m6A甲基化的整体研究思路:m6A课题如何设计 | m6A专题

史上最详细RNA甲基化套路解读 | m6A调节果蝇性别分化和神经功能

Nature:m6A调控miRNA初级体识别加工 | RNA甲基化套路解读

RNA甲基化套路解读三:m6A识别酶HNRNPA2B1介导RNA加工-客户文章

m6A去甲基化酶FTO对急性骨髓白血病有致癌作用 | m6A专题(6)

Nature:YTHDF2介导mRNA降解导致子代斑马鱼发育迟缓 | m6A专题(7)

Nature:m6A甲基化修饰在造血干细胞发育中的关键作用 | m6A专题(8)