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随着SCI论文数字出版与传播的快速发展，期刊的投稿方式已经发生了巨大变化。目前，国际一流SCI杂志基本都已采用了在线投稿方式。常见的投稿系统有： ScholarOne Manuscripts， Editorial Manager， Elsevier Editorial System， EJPress， Open Journal Systems （OJS)，等等；也有些出版者倾向于自己开发投稿系统，如美国物理联合会出版社（AIP)的Peer X-Press，英国物理学会出版社（IOPP)的Author Service and Referee Service，等等。这些在线投稿系统虽然界面风格各有不同，但总体功能十分相似，极大地方便了编者、作者、审稿人之间的联系与沟通，对于提高出版效率、降低出版成本具有非常重要的作用。
在线投稿时应注意的事项主要有：
（1)应注意查询拟投稿期刊的最新要求，以便在稿件的准备中尽早开始遵循期刊的习惯和格式。
（2)投稿时应严格遵循期刊的相关要求，按规定的程序填写或添加投稿信息，如投稿信、摘要、文件类型、辅助信息、图件、建议的审稿人等，以满足期刊的要求。
（3) Email地址必须准确，有些期刊要求主要作者和通信作者有相互独立的用户名和密码，并且主要是与通信作者进行投稿及投稿后的联系，这也是在投稿时需要注意的。
（4)在投稿系统注册以后作者便拥有自己的网页，该网页通常分为几个区域，如投稿、查询已投稿件的状态、继续已经开始的投稿、传送修改稿、已录用稿件的出版阶段等，因此，对于特定的期刊（群)，应尽量保持自己唯一的用户名和密码，以免导致混乱。
（5)除了Email和FTP投稿形式需要一次性投稿外，通过网页的投稿可以采取暂时保存的形式分多次完成投稿任务，在最终递交稿件前，投稿系统需要作者确认所有项目均已完成并且允许作者修改。通常情况下投稿完成以后就不允许作者对已投的稿件进行修改，除非编辑和出版商要求作者作某些修改。
（6)投稿成功以后，作者通常会收到一份来自编辑或系统的确认函，作者可根据确认函提供的稿件编号跟踪稿件状态及进行投稿后的联系（如要求加快稿件处理速度)，可通过投稿系统规定的渠道或Email与编辑联络。
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