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韩春雨NgAgo论文被撤稿:系作者主动申请(附撤稿声明和《自然-生物技术》相关社论)

硕士博士俱乐部2019-06-17 12:41:37




来源 | 澎湃新闻,Nature自然科研(ID:macmillan-nature)



在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后,河北科技大学副教授韩春雨关于新基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文已由《自然-生物技术》撤回。


北京时间8月3日,《自然-生物技术》发布声明称,撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。澎湃新闻获悉,论文撤回,是韩春雨团队主动申请撤回。


韩春雨出生于1974年,现为河北科技大学副教授,本科毕业于河北师范大学,硕士就读于中国农业科学院,在中国协和医科大学取得博士学位。


在学术出版里,受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下,往往由论文作者主动向期刊申请撤稿,以减少对论文作者科学信誉的伤害,同时避免更多的科研工作者继续引用该论文。


此前,该论文甫一发表,韩春雨团队及其报告的NgAgo技术得到了诸多喝彩声。论文中所描述的NgAgo技术是利用格氏嗜盐碱杆菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸内切酶,以DNA为介导进行基因编辑,简称NgAgo-gDNA。


在论文中,韩春雨团队使用NgAgo-gDNA技术,在哺乳动物细胞基因组上的47个位点进行了100%的基因编辑,效率为21.3%~41.3%。按照韩春雨团队的实验结果,该技术效率之高,能媲美已有“基因魔剪”之称的CRISPR-Cas9,对基因的特定位点进行准确地剔除、添入等。


但同年7月以来,该论文的可重复性得到国内外学者的广泛质疑。在按照韩春雨论文所述的方法进行实验后,他们无一例外地没有看到NgAgo技术有能编辑基因的迹象。


2016年7月,来自澳大利亚、美国、西班牙的学者在社交媒体推特上公开发声,表示无法看到韩春雨论文中的实验结果,为避免资源浪费,呼吁科研工作者停止使用NgAgo技术。


2016年10月,北京大学、中国科学院、哈尔滨工业大学等13位中国生物学家联名在媒体上公开发声,表示无法重复该实验结果,呼吁有关部门启动学术调查。


同年11月,国内外20位生物学家联名在国际期刊《蛋白质与细胞》上发表学术通讯,正式以学术规范的形式,质疑韩春雨团队该论文的可重复性。20位学者在各自的实验室进行了重复实验,但在不同细胞系和生物中无法检测到NgAgo技术所产生的基因编辑现象。


同月,来自美国、德国和韩国的生物学家在《自然-生物技术》发表通信文章,同样报告了该实验无法重复。


与通信文章同时发表的,还有《自然-生物技术》的一篇“编辑部关注”及声明,“提醒读者对原论文结果(韩春雨课题组论文)的可重复性存有担忧”,并表示正在调查该论文,原作者“补充信息和证据来给原论文提供依据是非常重要的”。


不到两个月后的2017年1月,《自然-生物技术》发言人发表声明,表示获得了与NgAgo系统可重复性相关的新数据,在决定是否采取进一步行动之前,需要调查研究这些数据。


在被质疑的一年时间里,韩春雨不愿公开实验记录,并表示他的实验可重复,他正在不断改进实验效率。韩春雨还曾表示,其他实验室无法重复,80%的原因是实验用的细胞被污染了。




《自然-生物技术》社论:是该数据说话的时候了


原题:Time for the data to speak

发布在2017年8月2日的《自然-生物技术》社论上


一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回,这显示了论文发表后的同行评议在全天候媒体时代的重要性。


本期,韩春雨及同事撤回了发表于去年5月的一篇论文。该论文称,短5′磷酸化单链DNA可引导格氏嗜盐碱杆菌核酸内切酶(NgAgo)产生双链断裂,实现对人类基因组的编辑。论文一发表,便引起科研人员的极大兴趣和媒体的竞相报道。但是很快,在推特、博客和其它社交媒体的助燃之下,有关该研究可重复性的质疑开始迅速增多。去年11月,本刊发表了“编辑部关注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留意这些可重复性方面的担忧。为了最终解决这个争议,多个研究小组在数月里生成了更多的实验数据。如今尘埃落定,这也是世界各地的许多实验室为澄清NgAgo的功能而付出的大量时间、精力和资金的证明。


韩春雨的这篇论文自去年发表后所产生的影响力,再怎么夸张地说也不为过,尤其是在论文的来源地中国。中国媒体纷纷进行报道,以大标题宣告一项全新基因编辑系统的发现。这无疑是一篇中国去年被报道最多的论文;媒体监测公司融文(Meltwater)的数据显示,仅在论文发表后的最初两个月,就有将近4000篇相关的中文新闻报道。


NgAgo的轰动之处集中在它有可能补充,甚至取代CRISPR/Cas9基因编辑系统之一点上。NgAgo有望以一个目标序列进行基因编辑(Cas9不仅需要目标序列,还需要另外一个附近的识别(PAM)序列)。而且,初始数据还显示了它在其它方面的优势,如引物的稳定性更强(DNA相对于Cas9采用的RNA),增强特异性,减少基因组编辑脱靶,改善在基因组富含GC区域的活性,以及使所用的试剂更易于合成和处理。


如果说这一切都听上去太过美好而令人难以置信,那么去年夏天以来,随着越来越多的实验室无法重复该论文所报告的基因组编辑功能,质疑声便开始出现了。在各种基因组编辑会议上,在新闻讨论组和电子邮件中,这篇论文成为最热话题之一。这很快便引起媒体注意,有关该初始报告有效性的正反两方面的声音开始交锋。我们内部的图像完整性筛查没有发现韩春雨论文的明显异常,复查数据的三位外部评审人也持相同观点。


在此期间,《自然-生物技术》一直与科研界保持联络,关注各种为重复论文所做的持续努力。最终,在编辑们的协调下,三个独立小组的成果形成了一篇单独的反驳性论文,并通过了同行评议(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了这些数据,我们就有充分的理由去提醒读者留意该论文可能存在问题,我们将正式的“编辑部关注”发表在该篇论文所在的网址上,此举得到包括韩春雨在内的两位论文作者的支持。


我们也询问了论文作者是否可以解答科研界为何难以重复他们的结果。于是,去年12月,韩春雨及同事,还有另外几个与本刊联系的独立研究小组,提供了新的数据,称已经重复了NgAgo基因编辑活性。当时,本刊编辑和一位外部评审人都判定这些数据太过初级,不满足发表标准。因此,我们决定给这些原始论文作者和新的研究小组更多时间来收集更多的能支持其论点的实验证据。


现在,距原论文发表已过去了一年多,我们了解到当初曾报告说初步成功重复出实验结果的独立研究小组,无法强化初始数据,使其达到可发表的水平。类似的,在征求专家评审人的反馈意见后,我们判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以反驳大量与其初始发现相悖的证据。我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。


这篇有关NgAgo的论文发表出来,并不是科研过程的结束,而是开始。与任何其它发表出来的报告一样,正是广大的科研共同体对相关方法进行了检验,识别潜在的错误来源,验证试剂并优化试验。在本例中,有多位敬业的研究者个人对已发表实验方法的各种细节进行检验,并完成记录翔实和有对照组的反驳性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。 


这篇NgAgo论文也显示了社交媒体的利与弊。显然,这些平台对于迅速提醒广大科学界留意该论文可能存在的问题发挥了重要作用。但是,它们也抬高了人们的预期,以为有关这篇论文的问题是直截了当,可以快速解决的。然而,关于NgAgo的各种问题是无法在几个星期或几个月内就能澄清的,这是有原因的。即使是简单的实验也需要花费数周来准备、实施、分析和解决出现的问题。另外于事无益的是,那些进行可重复性研究的人,其付出的努力往往得不到回报——这样的工作单调乏味,没有资金支持,还吃力不讨好。


难怪在希望得到快速、明确答案的全天候媒体和公众眼中,论文发表后的同行评议流程似乎慢得让人沮丧。但是,当涉及生物学时,往往没有明确的答案。当研究重复性时,有一点我们是知道的,那就是这需要花时间来做。就这篇有关NgAgo的论文而言,现在是时候了,数据已经说话了。


社论链接:http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html





以下是来自作者的撤稿声明:


Retraction: DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryiArgonaute

 

Feng Gao, Xiao Z Shen, Feng Jiang, Yongqiang Wu & Chunyu Han

 

Nat. Biotechnol. 34, 768–773 (2016); published online 2 May 2016; addendum published after print 28 November 2016; retracted 2 August 2017; doi:10.1038/nbt.3547

 

We are retracting our study because of the continued inability of the research community to replicate the key results in Figure 4, using the protocols provided in our paper. In this figure we report that the Natronobacterium gregoryi Argonaute can efficiently create double-strand breaks and edit the genome of human cells using 5ʹ phosphorylated single-stranded DNA as a guide. Despite the efforts of many laboratories (Protein Cell 7, 913–915, 2016; Nat. Biotechnol. 35, 17–18, 2017; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017), an independent replication of these results has not been reported. We are therefore retracting our initial report at this time to maintain the integrity of the scientific record. We nevertheless continue to investigate the reasons for this lack of reproducibility with the aim of providing an optimized protocol.


撤稿声明链接:http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html


译文:

撤稿:利用NgAgo进行DNA引导的基因组编辑


高峰,沈啸,姜峰,武永强和韩春雨


Nat. Biotechnol.34, 768-773 (2016); 2016年5月2日在线发表,论文进入印刷版后2016年11月28日在线发表补编;2017年8月2日撤稿;doi:10.1038/nbt.3547


由于科研界一直无法根据我们论文提供的实验方案重复出论文图4所示的关键结果,我们决定撤回这项研究。在该图中,我们报告说,利用5′磷酸化单链DNA作为引导,NgAgo(Natronobacterium gregoryi Argonaute)能够有效引起双链断裂,并对人体细胞基因组进行编辑。虽然许多实验室都进行了努力(Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017) ,但是没有独立重复出这些结果的报告。因此,我们现在撤回我们的最初报告,以维护科学记录的完整性。不过,我们会继续调查该研究缺乏可重复性的原因,以提供一个优化的实验方案。


注:本文由自然科研上海办公室负责翻译。中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。