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研途学术 发表论文,为什么要那么久?

陕西师大曲江研途2019-04-14 13:54:49

(梁郡/译)丹妮埃尔•弗雷泽(Danielle Fraser)第一次投稿的时候,还对学术出版的漫漫征程无甚概念。她用了一年半的时间,研究了3600万年前开始分布在北美各处的物种的数千个化石,结果很有意思:动物种群在气候温暖潮湿的地区分布得最广。弗雷泽的研究对她拿到加拿大卡尔顿大学的博士学位至关重要,其结果或许可以用来预测哺乳动物将会如何应对气候变化——而这正是当今生态学的重要问题之一。


在导师的鼓励下,她在2012年10月向《科学》(Science)杂志投了稿。 以下是接下来半年发生的事情:


十天后,论文被拒了。她又投给了另外一家颇具声望的期刊——《美国国家科学院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences,PNAS)。——又被拒了。然后,她试着投给《生态学快报》(Ecology Letters)。还是落空……


“那个时候我真的很绝望,我的论文甚至都没有送到审稿人手里。我很想知道应该如何改进文章。”弗雷泽回忆说,“我想着,不如随便投给一家起码会评审我的论文的期刊得了。”


2013年5月,她把论文投给了《英国皇家学会报告B》(Proceedings of the Royal Society B),这家期刊在她所在的领域影响因子很高。文章被送去评议了,这时,距离弗雷泽第一次向《科学》投稿已经过去了7个月。“总算!”弗雷泽心想。


但她不知道的是,她才仅仅迈出了通往最终发表的长征之路第一步:那后面还有三次投稿,两次拒稿,两轮较大的修改以及数不清的草稿版数在等着她。到了最后发表的时候,她连看都不想再看自己的文章一眼了。


“我们就是拒你的稿。”图片来源:nature.com


弗雷泽的沮丧经历并不是个案:科研工作者们对发表研究成果需要花费的时间日益感到质疑。许多人感到自己陷入了一种“投稿,拒稿,审稿,再审稿和再再次审稿”的循环中。这一周期要花费数月,似乎正在吞噬他们的时间,妨碍他们对职位、经费和终身教职的申请,也拖慢了研究成果的传播速度。2012年,纽约洛克菲勒大学的神经科学家莱斯莉•沃斯霍尔(Leslie Vosshall)撰写了一则评论,哀叹科研成果发表的“龟速”。“如今,三年过去了,情况变得越来越糟糕。”现在,沃斯霍尔表示,“发表的那一天简直遥遥无期,不管哪家期刊都是这样,太漫长了。


发论文的时耗正在变长吗?

但是,学术出版周期真的变得越来越长了吗?如果是,为什么会这样?《自然》调查了最近一些关于学术出版周期的分析——许多分析都来自正在苦等自己的研究成果见刊的科研工作者们——并和科研工作者及编辑们就他们的经历进行了对话。


结果有些让人惊讶。加州大学旧金山分校的计算生物学研究生丹尼尔•希莫斯坦因(Daniel Himmelstein)为《自然》杂志分析了PubMed数据库中收录的所有列明了投稿和接收日期的文章,结果并没有找到证明学术出版周期延长的证据:三十多年来,审稿周期——即从投稿和被接收的间隔时间——的中位值都稳定在100天上下。但分析结果中也附带了一份声明:并非所有的PubMed期刊都记录了这些时间节点信息,包括一些颇知名的期刊也没有,还有些期刊显示的是修改后再次投稿、而不是首次投稿的时间。“重新计时是个尤其恶劣的问题。”希莫斯坦因说,这意味着分析结果可能低估了学术出版的延时问题。


一些数据显示,某几类期刊的审稿周期的确变长了,比如一些广受关注的开放获取期刊和大名鼎鼎的“香饽饽”期刊。根据希莫斯坦因的分析结果,在过去十年间,《自然》杂志审稿周期的中位值就从85天增长到了稍高于150天的水平,而对《公共科学图书馆-综合》(Public Library of Science, PLoS ONE)来说,在大致同一时期内,这一数值从37天增长到了125天。



整理者:审稿周期-Daniel Himmlstein; 见刊周期-Daniel Himmelstein; 与影响因子关系-Stephen Royle。数据:参考文献


许多科研工作者对这种情况感到奇怪:他们原本期待数字出版技术的发展和期刊数量的增加能加快论文的发表速度。他们认为期刊的审稿周期耗时太久,审稿人也在比过去要求更多的数据量、文章修改和补充实验。沃斯霍尔认为,科研工作者和审稿人对对方的要求越来越不合理的。


期刊编辑们则反驳:科学研究本身就比以前更加注重数据的丰富程度,编辑和同行评议的标准也在提高,待处理的论文数量也在不断增加。他们还表示已经在着手加快学术出版流程了。


不同学科领域的学术出版流程和等待时间也有差异,例如社会科学类论文的发表就众所周知地慢。在物理学界,一种常见做法缓解了需要迅速发表论文的压力:研究者会在arXiv网站发表“预印本”——尚未进行同行评议的论文。抱怨学术出版周期太长的重灾区在生物学界,该领域竞争激烈,想要事业进阶,就可能必须有文章发表在著名杂志上。2016年2月,70多位科研工作者、赞助人、期刊编辑和出版人在马里兰州的霍华德·休斯医学研究所召开了会议,商讨生物学界是否应该引入预印刊发模式来加快学术出版。“我们需要从根源上反思我们是如何走到这一步的。”沃斯霍尔说。


投稿之路,道阻且长

2012年3月,英国华威大学的一名细胞生物学家斯蒂芬•罗伊尔(Stephen Royle)开始了自己的论文发表之路。他的最新研究解答了一个具有争议的问题:细胞如何在分裂前检测到染色体排列好了。


罗伊尔首先将论文投给了《自然-细胞生物学》(Nature Cell Biology)。这家顶级期刊的一位编辑在听完罗伊尔的演讲后建议他投稿。但是文章却被拒了。接着,他又投给了《发育细胞》(Developmental Cell)。——还是被拒。罗伊尔第三次投稿的对象《细胞生物学杂志》(Journal of Cell Biology)将论文送去了评审。发回了一大篇修改意见——还有一封拒信。罗伊尔和他的团队花了6个月时间完成了评审建议的补充实验和文章修改,然后将文章投给了《当代生物学》(Current Biology)。又被拒。再投给《欧洲分子生物学组织学报》(EMBO Journal)。评审后拒稿。2012年12月,他向《细胞科学杂志》(Journal of Cell Science)的投稿被送去评审。最后,《细胞科学杂志》决定接收文章。


一位审稿人表示,他之前在其他期刊上就评估过罗伊尔的论文,并且认为应该发表。这位审稿人认为罗伊尔的研究“执行优美,控制精确,解释有度”。而第二位审稿人则认为不应该发表。最后,《细胞科学杂志》决定接收文章。这时,距离从罗伊尔第一次投稿给《自然-细胞生物学》已经过去了317天。又过了53天后,论文才在线发表。后来,这篇论文获得了《细胞科学杂志》的2013年最佳论文奖。


尽管收获了荣誉,罗伊尔还是认为之前的几次拒稿打击到了学生们的士气——完成实验的是他们,当时需要论文毕业也是他们。他还觉得这篇文章理应发表在更有名的期刊上,被更多人读到。“不幸的是,在现在这种风气下,如果论文没有发表在顶级刊物上,就很容易被低估。”罗伊尔说。他也做了一些关于学术出版周期的分析,将结论写在了博客里。他发现自己的经历并不特别:罗伊尔查阅了自己所在的实验室之前12年发表的28篇文章,发现从首次投稿到最后见刊的平均时间犹如一次“怀胎”——需要大约九个月。



“就快来了哦!”平均下来,罗伊尔所在实验室每篇论文从投稿到发表要花的时间堪比人类怀孕。图片来源:americanpregnancy.org


但是罗伊尔本人要为这种等待负多少责任呢?在投稿那篇关于染色体的文章时,罗伊尔对挑选目标期刊的过程简直再熟悉不过了:首先选择领域内名气最大的期刊(通常是影响因子最高的),然后逐级而下地转投他刊。(《自然-细胞生物学》目前影响因子为19;《细胞科学杂志》为5)。科研工作者、研究补助评审以及招聘委员们普遍使用期刊的影响因子或名气来衡量学术文章的质量。但另一方面,批评者们却认为,编辑们为了提高期刊的影响因子只挑选最引人注目的文章,这样便促使作者们沿着期刊的等级挑选目标,从而增加了拒稿次数,延长了等待时间。


期刊编辑们可不认帐。《自然》的编辑丽图•丹(Ritu Dhand)反驳,《自然》杂志的录用标准是挑选原创性强、重要程度高的论文,这样“可能会提高期刊的引用率和媒体影响,但《自然》的编辑并不为这一考虑左右。”


这个挑选期刊的过程,到底让整个学术出版周期延长了多久呢?罗伊尔在分析自己课题组的论文时发现,超过一半的论文都经历过这个过程,其耗时从几天到八个多月不等。接着,他分析了PubMed数据库2013年收录的全部文章,调查学术出版周期是否跟影响因子有关系。结果呈倒钟型曲线状——在影响因子最低和最高的期刊发表文章的等待时间,比影响因子居中的期刊要长。影响因子居中的绝大多数期刊的审稿周期在100天左右,这与希莫斯坦因的分析结果一致。影响因子非常高(30-50)的期刊审稿需要150天,支持了向一系列顶尖期刊投稿可能会导致论文迟迟得不到发表的观点。


许多科研工作者、编辑和出版社都知道,仅仅用期刊的名气来衡量科学研究的质量和价值是错误的,但解决这个问题似乎遥遥无期。“文章发表在什么地方不能说明你是什么样的人,你的研究的影响力,或者研究是对是错。”欧洲分子生物学组织(欧洲生命科研工作者的领导性组织,EMBO学报的出版方)的主任玛丽亚•勒普丁(Maria Leptin)说,“但作为经费赞助方或终身教职评委会的一员,我们没人敢说自己只看作者发表的文章本身、而不看发表在什么期刊上。”


然而,正为发表自己的古动物种群论文而奋战的弗雷泽马上就要发现,执着于著名期刊并不是论文迟迟无法发表的唯一原因。


同行评议,道阻且跻

到2013年10月,距离弗雷泽首次投稿已经过去了一整年,她已经不怎么关心影响因子这回事了。彼时,论文正在被《英国皇家学会报告B》评审,最后等来的是一大篇审稿意见,还有一封拒信。弗雷泽决定最后试试PLoS ONE,这家期刊影响因子为3的期刊以快速发表闻名,声称只要是严谨的科学研究,无论其意义大小,视野宽度,或者是否可能被引用的都能得到发表。


PLoS ONE只将论文递交给了一位审稿人。接下来:

两个月后,弗雷泽收到了决议信,表示如果根据建议修改,她的论文便有资格重新被审,否则将会被拒。她做了修改,增加了引用,重新做了少量分析。2014年3月,PLoS ONE将论文重新递交给了另一位审稿人两个月的等待,换来的是新的意见:需要大量修改。


“他们没直接拒稿我已经很高兴了。”弗雷泽回忆到,“当时,我确实写了邮件说,‘这是第一百万稿了!’”但她没有放弃,在根据审稿人的要求对文章进行了更多修改后,于2014年6月第三次向PLoS ONE投稿。成功!在最初向《科学》投稿后的第23个月,论文终于在线发表了。漫长的同行评议和修改过程的确提高了论文的质量,弗雷泽如今这样说。“论文确实改进了许多。”但是文章的主要结论也有所改动吗?“并没有。”


去年,荷兰蒂尔堡大学的一名行为科学家克里斯•哈杰因克(Chris Hartgerink)分析了公共科学图书馆从2003年开始出版的系列期刊(选择公共科学图书馆系列的原因是其数据较易获得,同时他自己也有一篇文章在PLoS ONE等待发表)。他发现,在过去十年中,该系列的平均审稿周期翻了一倍,从50–130天延长到了150–250天,具体视期刊而定。而罗伊尔在审阅过去十年中刊发过细胞生物学论文的8家期刊时,发现有7家的学术出版周期延长了,其主要原因在于审稿时间延长。


有争议认为,同行评议者的要求比过去更高了。加州大学旧金山分校的罗恩•维尔(Ron Vale)分析后发现,《自然》《细胞》以及《细胞生物学杂志》三家期刊2014年上半年文章的作者数目和实验图像的张数都比1984年上半年多了2-4倍。维尔认为,这表示学术出版本身对数据量的要求提高了,并猜测大部分数据都是作者为了达到审稿人的要求而增加的。科研工作者们抱怨过度热情的审稿人总是要求补充或者增加新实验来证明观点。“修改一般很难对论文有本质上的改动,毕竟大标题都没变。”罗伊尔说。他在分析自己课题组的论文时发现,在为时平均9个月的学术出版周期中,为了再次投稿进行修改花费的时间占了快4个月。


对许多等待论文发表的研究者来说,同行评议之路漫长而坎坷。图片来源:Nick Kim, Massey University, Wellington


许多科研工作者还怪罪期刊编辑,认为他们不愿意在评审意见不一致时向作者提出清楚的指导和决议。期刊负责人们不同意这个说法,声称他们的编辑在处理不一致的评审意见方面做得很完善。麻省剑桥市的《细胞》主编艾米丽•马库斯(Emilie Marcus)说,她的编辑在发表与否的决议上很负责,并帮助作者们拟出修改文章的方向。


编辑们认为,技术进步意味着科研需要处理越来越多的数据,与此同时,向学术圈开放科研信息越来越受到重视。马库斯说,《细胞》正在着手缩短审稿周期,例如,提高只需一轮修改即可发表的文章的比例,这一比例在2015年达到了14%。2009年,《细胞》还限制了可随论文附录的补充材料的数量,以避免审稿人向作者要求“额外、不相关的实验”。


旧金山《公共科学图书馆》系列的执行主编维罗妮可•基莫(Veronique Kiermer)拒绝讨论有关弗雷泽论文的详情。不过,她认为长达9个月的审稿总耗时是个“例外”,而且“仅由一位审稿人评审论文也并不理想”。她承认PLoS ONE的学术出版周期延长了,而原因之一是论文的数量也增加了——从2006的每年200篇,到现在的每年30,000篇——寻找和指派合适的编辑和审稿人也很费时间(2015年,PLoS指派了76000名审稿人)。基莫认为,还有一个原因是在过去十年中,必要的检查步骤也增多了——包括利益冲突披露,动物福利报告和抄袭筛查。“我们会不遗余力地从技术和工作流程两方面来缩短学术出版周期。”她说。


《自然》的丹也认为,如今期刊比过去更难找到审稿人:“也许是因为需要评议的文章实在太多了”。希莫斯坦因的分析发现,PubMed在2015年的文章数量几乎达到了一百万篇,比起2010年翻了不止一倍。


从接收到发表

数字出版可能有助于缩短“见刊周期”——从论文被接收到见刊所需要的时间——而对于缩短审稿周期则无甚作用。希莫斯坦因的分析显示,2000年以来见刊周期已经缩短了一半,现在的中位值只有25天。


几家新创立的期刊和在线出版平台已经承诺,还将进一步加速学术出版流程。创刊于2013年Peer J期刊系便是鼓励开放性同行评议的几家期刊之一。在开放性的同行评议模式下,审稿人的姓名和评审意见也将与论文一同公开。人们期待,这种透明的审稿模式可以避免审稿人不必要的拖延和繁冗的修改要求。


2012年创刊的生物医学和生命科学期刊eLife则保证,在收到投稿的几天之内,作者就会得到初次编辑决议,并迅速完成审稿。审稿人受到了严格的限制,除了被严格指示不许要求“完美的实验”外,要求作者补充的实验也必须是能在两个月之内完成的,如果不行就拒稿。加州大学伯克利分校的细胞生物学家兰迪•谢克曼(Randy Schekman)是eLife的主编,他表示,这些规则意味着被该期刊接收的文章中,三分之二只需要通过一轮审稿。



eLife的宣传海报。图片来源:publications.mcgill.ca


在2015年的分析中,希莫斯坦因对从2014年1月到2015年6月,在PubMed数据库中有论文时间节点信息的3482家期刊的审稿周期中位值进行了排名。Peer J的审稿周期相对较短:投稿后74天完成审稿,eLife则需要108天,而PLoS ONE需要117天。相比之下,《细胞》的审稿周期为127天,而《自然》的是173天。《公共科学图书馆-医学》杂志需要177 天。《发育细胞》(Developmental Cell)是较受欢迎的生物医学期刊中最慢的之一,需要194天。马库斯提醒,由于各家期刊对收到投稿、文章修改、文章接收等节点的定义存在差异,期刊之间的平行对比存在困难。他也指出《发育细胞》很重视及时审稿。


预印本可以解决问题吗?

预印发表也不失为让生物学家们加快论文发表速度的一种方法。德国马尔堡大学的理论物理学家,同时也是《物理评论》(Physical Review E)的副主编的布鲁诺•埃克哈特(Bruno Eckhardt)认为,这种形式能让论文迅速地收到意见和建议。“这几乎有点像发在脸书上一样——表示你已经准备好公布研究成果了。”他说。


由纽约冷泉港实验室运营的服务器bioRxiv能在24小时之内将论文在线刊发,并提供数字对象识别号(DOI);之后的修改都带有时间标记,任何人都可以阅读论文并留下意见。“一项研究成果进入公众视野后,就可以从百家争鸣的意见中获益。”维尔说。不止如此,支持者们认为,预印发表还可以很简单地引入到传统的学术出版模式中。2012年上线的F1000 Research就这样做了,他们首先将论文刊发在网站上,然后邀请研究者进行开放性的同行评议和修改。


一些科研工作者还更进一步。他们使用诸如GitHub,Zenodo和figshare之类的平台,来发布研究进行过程中产生的每一个假设、收集到的每份数据和每张图像。每个文件都可获得一个数字对象识别号,方便被引用和追踪。希莫斯坦因之前已经通过预印方式发表过论文,2015年1月,他开始使用Thinklab平台撰写和发表新项目的研究成果。“我点击‘发布’后就能即时获得一个数字对象识别号。”他说。“发表在传统期刊上真有那么多好处吗?或者还是最好采用最快最高效的方式来发表研究成果?”


菲尔茨奖得主、数学家蒂莫西·高尔创立了免费在线期刊《离散分析》;数学家陶哲轩宣布破解埃尔德什差异问题的论文就发表在了这份在线期刊上。图片来源:Discrete Analysis


然而,预印发表和实时数字发表平台也不是万能灵药。沃斯霍尔表示,许多生物学家由于担忧成果被竞争对走挖走,或者失去成果的知识产权而“惧怕”预印发表。而且,在预印发表之后,科研工作者们仍然逃脱不掉同行评议流程,为了使自己的简历生色,也不得不继续追求高影响因子的期刊。沃斯霍尔指出,科研工作者群体依赖于传统期刊起到的“声誉过滤器”作用,来使重要的论文得能到合适的读者的注意。没有了传统期刊,“我们上哪儿去找那些优秀的研究呢?”她问道。


对弗雷泽来说,她在PLoS ONE上发表的文章最终获得了成功。在等待了将近2年才终获发表后,弗雷泽表示,她的文章收获了学术界的肯定。她的文章被阅读了近2000次,在Facebook和Twitter上分享了51次,被下载了280次。这篇文章的发表也帮助她保住了现在的职位——华盛顿史密森学会自然历史博物馆的博士后。“我基本上拿到了我能拿到的最好的博后职位。”


然而,弗雷泽并不想再经历一次上篇论文的发表全过程。所以近来,她倾向于将新文章投给有可能马上发表她的文章的中档期刊。“如果最终目标是获得教职,我可没法为一篇文章等上两年。”弗雷泽说。(编辑:Calo、Stellasun)  


题图来源:Nature

参考文献:

1、Vosshall, L. B. FASEB J. 26, 3589–3593 (2012).

2、Himmelstein, D. S. & Powell, K. Zenodo Repository http://doi.org/bb95 (2016).

3、Cheeseman, L. P. et al. J. Cell Sci. 126, 2102–2113 (2013).

4、Fraser, D. et al. PLoS ONE 9, e106499 (2014).

5、Vale, R. D. Proc. Natl Acad. Sci. USA 112, 13439–13446 (2015).

编译来源:Does it take too long to publish research?, Nature News


来源:果壳网(http://www.guokr.com/article/441343/)

编辑:储晓娟

责编:任柳

审核:郑欣