随着我们国家肿瘤发病率的提高，国家在科研项目的投入也越来越大。进行肿瘤机制研究，相比较其他学科，更易于申请科研项目。肿瘤研究方向杂志影响因子相对较高，因此发表SCI论文也相对简单。只要我们熟悉了解肿瘤机制研究的套路，发表1-5分的SCI文章还是很简单的。今天小默就和大家聊聊肿瘤研究的套路。
首先
我们要在套路的各个环节中坚持
三个原则：
✔ 保证研究的创新性，讲述一个完整的“故事”。
✔ 尽可能多的使用创新技术。
✔ 尽可能使用in vivo分析的实验结果。
现在我们以肿瘤转移机制研究为例，为大家介绍肿瘤研究套路的第一步：靶标筛选。研究靶标的确定是开展肿瘤机制研究的第一步，快速成功的靶标确定直接关系到课题研究的成功与否。
为了快速确定肿瘤转移的靶标，我们可以通过文献查阅以及数据库的检索来选择，但为了保证研究的创新性，我们推荐大家使用高通量筛选。高通量筛选一般分为两种类型:基因功能筛选和蛋白相互作用筛选。
基因功能筛选可以直接反映基因在肿瘤发生发展中的功能，随着高通量测序技术的发展，是当前最常见的筛选方式。如果可以拿到临床肿瘤样本，大家可以使用临床样本进行全基因表达筛选，样本包括癌转移组织，癌原位组织以及正常组织，筛选技术包括全基因组测序、全转录组测序以及蛋白组质谱（MS）。
图1.基因表达高通量筛选在肿瘤临床组织样本中应用技术路线
如果没有临床肿瘤样本，我们可以使用现在比较热门的CRISPR/Cas9矩阵形文库或者集合形文库结合高通量测序在细胞系中进行细胞功能的筛选。筛选之后一般我们会得到大量的相关基因，这时我们还可以使用单孔单基因形式的CRISPR/Cas9矩阵型文库，进行进一步的验证以确保筛选的真实性缩小研究范围，最后再利用qPCR、WB或者IHC等技术在细胞系或者组织样本中进行最终的验证并且确定研究靶标。
图2.CRISPR矩阵型文库筛选在肿瘤细胞系中的的应用示意图
基因功能筛选可以让我们快速发现相关功能基因，但是基因的作用机制我们并不了解，需要我们进行大量的尝试。如果我们想节省时间，可以考虑进行互作的筛选，例如，我们的研究靶标可能参与某些调控肿瘤细胞转移的信号通路。我们可以考虑利用酵母双杂交技术进行文库的筛选，酵母双杂交属于比较成熟的技术，成本较低但工作量大，在酵母细胞中的一些蛋白互作可能在哺乳动物细胞中并不发生，因此会造成一定的假阳性。我们推荐大家使用当前比较热门的IP-MS技术。在使用IP-MS技术时，样本一般选择癌细胞系，筛选结果较为真实，另外可以选择内源性靶标蛋白进行IP，因此属于In vivo的分析，数据比较有说服力。
图3.IP-MS在肿瘤细胞系中的的应用技术路线
如果我们确定的研究靶标属于表观或者转录因子，对肿瘤转移的关键基因进行转录调控。我们可以使用ChIP-seq技术，筛选与靶标蛋白互作的基因，相比传统的EMSA技术，ChIP技术也属于in vivo的检测技术，结果真实并具有说服力。
图4.ChIP-seq在肿瘤细胞系/肿瘤组织中的的应用技术路线
如果我们的研究靶标属于最近比较火热的LncRNA，推荐大家使用最新的ChIRP-MS/seq技术，筛选与LncRNA互作的蛋白以及转录调控的基因序列，ChIRP技术对比RNA pull down，属于in vivo的检测，结果更加具有说服力。
图5.ChIRP-MS/seq在肿瘤细胞系/肿瘤组织中的的应用技术路线
（本文转自默克生命科学）
因篇幅有限，我们这期的肿瘤研究套路之靶标筛选部分就介绍到这里。如果大家对我们提到的技术感兴趣或者需要具体信息，可以加小编微信18710443650申请相关资料。