论文是科研活动成果的重要形式，发表论文的数量多少体现了大学科研活动的规模大小和显示度。“中国最好大学排名”选用全球最大的文献摘要与引用数据库——Scopus（该数据库收录了2万多种同行评议期刊，其中中文期刊500余种），统计大学2009至2013这5年发表的类型为研究论文（Article）和综述（Review）的文献数量，赋予其10%的权重。
和世界其他国家的高等教育体系一样，我国大学的科研活动具有高度集中性，少部分大学产出了绝大部分的论文。如果以5年发表论文是否达到1000篇（即每年200篇）作为判断科研活动是否成规模的标准，918所本科层次大学中只有221所（24.1%）达到该标准，而这不到四分之一的大学发表的论文占到所有大学总数的90.0%，另外697所大学（75.9%）发表的论文只占到所有大学总数的10.0%。
发表论文数量最多的前四名大学依次是浙江大学、上海交通大学、清华大学和北京大学，这四所大学发表的论文数都超过3万篇，以显著优势领先于其他大学，是中国大学中科研方面的“航空母舰”。从第5名以后，大学的论文数下降趋势相对平缓，排名第5的是组建不久的中国科学院大学，位列第6到第10名的都是国家重点支持的综合性研究型大学。
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