明仁的主要研究方向是虾虎鱼分类。他建立的虾虎鱼类分类体系己被世界大多数鱼类学家所接受。
虾虎鱼是一类体型极小的鱼。它们种类繁多，是鱼类中最大的一个科，已知的种类已经超过了2000种。大多数种类的虾虎鱼体长短于10 厘米，最小虾虎鱼的体长还不足2厘米，是世界上最小的脊椎动物之一。
明仁的首篇论文《关于虾虎鱼科类的肩胛骨》在《日本鱼类学刊》杂志上发表之后，便引起科学界的注目。
1985 年，在东京“第二届太平洋、印度洋鱼类国际研讨会”上，明仁用英语发表了有关虾虎鱼系统进化论的演说，推翻了虾虎鱼的祖先是日本产乌塘鳢鱼的结论，提出了虾虎鱼是由鲈鱼进化而来的新论，在世界生物学界引起轰动。
1994 年他写了论文《虾虎鱼种系的形态学特征之重要性》。2008 年，他以第一作者的身份在《基因》上发表论文，用分子生物学及形态学分析太平洋与日本海两个虾虎鱼物种：蛇首高鳍虾虎鱼(Pterogobius elapoides)与白带高鳍虾虎鱼(Pterogobius zonoleucus)种群的演化。
，关于虾虎鱼演化的论文，2008 年发表于《基因》。注意他的通讯地址为皇居(The Imperial Residence)。
如果你搜医学及生物方面的专业论文库 PubMed，以作者 Akihito(明仁)为关键词，可找到相关论文。
自 1963 年以来，他在《日本鱼类学刊》和《基因》等各类学术刊物上发表了 38 篇经过了同行评议的科学论文，专著 3 册。
明仁发表虾虎鱼类系统发育论文，建立了虾虎鱼类分子系统发育树，首次提出虾虎鱼类的演化是在一个特定的短时间内发生和完成的。
为了追寻虾虎鱼，明仁到日本各地捕捉：冲绳岛、西表岛、石恒岛、屋久岛、八尾市、北海道等地，采集了许多虾虎鱼活标本，有时候还弄得满身泥。明仁在猿涧湖亲自采集到的三叉虾虎鱼，证明了他之前“刺虾虎鱼与长虾虎鱼之间必有中间种”的断言成为现实。
1984 年，研究中的明仁，当时他还是皇太子。©宫内厅
2500 页厚的巨著《日本产鱼类大图鉴》(Fishes of Japan with Pictorial Keys to the Species)的 19 位作者之一(并不是挂名的!)，负责撰写此书 350 页关于虾虎鱼亚目(Suborder Gobioidei)的全部内容。其中介绍了日本虾虎鱼的 518 个种类，;总共有五百多幅插图，。
「日本産魚類検索」，東海大学出版
明仁亲手画的插图
《日本产鱼类大图鉴》作者名录
1992 ，明仁向中国科学院赠送的一批书籍中就有此书初版。当时北京还特意安排兼国家科委主任宋健陪同，两位学者在整个访问期间，经常在一起探讨学术方面的问题。
明仁 2009 年出席日本鱼类学会会议
当然了，这是恶搞，，
这是原版，大家一起排排坐开会~~
2009
展出的部分论述
英国布里斯托尔大学荣誉教授彼得·米勒(Peter ：。我在写论文时也参考过他的文章。在这一领域，我想全世界也不过有十几位科学家具有他那样的专业知识。”
除了鱼类研究，，并在《科学》与《自然》杂志发表。
现在 80 。
明仁不但学术上颇为努力，为人也十分和气。
曾经承担《福建鱼类志》的虾虎鱼类研究和编写的厦门水产学院的伍汉霖教授，1979 年写信给明仁，求教有关虾虎鱼类分类研究中的问题，很快收到了明仁的回信，信中不仅回答了他提出的问题，还表达了加强联系之意，从此开始了他们的学术交流。
“从 1979 年开始，当时我们学校还在厦门的时候，，他是当时日本很著名的鱼类学家，有些鱼我不认识就请教他。他与我的交往保持了 10 年。”十年后，1989 年 3 月份伍汉霖首次访问日本，。期间，，向他了解中国鱼类学研究机构、鱼类学家的研究情况，并交流研究心得，讨论虾虎鱼类的研究现状。
“第一次和明仁见面，是在他的皇宫里，专门去看他的虾虎鱼标本，去了之后得到很多资料。因为有共同的爱好，我们谈起来也很亲切。”
明仁还教给伍汉霖一种鱼感觉管染色法，并赠送实验设备。
1990 年春， 62 种，供他作研究和编撰动物志之用。
在科学研究中，两人有时候也会因看法不同而产生分歧。比如对于一种产于南海的罕见虾虎鱼的分类归属问题，两人就展开了激烈的争论。最后，以明仁的观点获胜告终：将这个新种归于带虾虎鱼属，命名为中华带虾虎鱼。
1995 年 9 月 1 日至 10 月 30 日伍教授应日本文部省学术振兴会之邀再次赴日本作为期 60 天的访问。次日进宫，伍被邀请到宫内厅生物学御研究所作短期研究。期间，。明仁表示：“中国内陆淡水面积大，河流，湖泊多，地形复杂，是研究虾虎鱼的好地方;还建议中、日沿岸的缟虾虎鱼种类复杂，要加强研究”。
2009 年上海水产大学的几位老师也同伍教授一同前往。
，比我大半年，我去了之后，亲自见识了他的一丝不苟、治学态度的严谨，到现在为止，我和他已经会面过 12 次。”说到这里，伍教授拿起了身边的一本书说：“这个就是他当年送给我的。”伍教授打开书指着书里的一些鱼标本图片说：“这些都是他自己手绘的，这些资料是通过日本专家一点点积累起来的。”
明仁还为伍汉霖教授主编的《中国动物志虾虎鱼亚目》一书提供了大量标本、文献资料及专业建议。
自 1984 年起，明仁每年正月都寄赠有签名彩照给伍教授，以祝贺新年。
（来源：知乎日报|作者：蒋怀仁）