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稿件且成功提交到杂志社，接下来就进入了审稿阶段。这个阶段时间比较漫长，通常情况下两个月左右会收到杂志社的审稿意见。若文章顺利接受，那么皆大欢喜: 若稿件被拒，也不能要太灰心丧气，拒稿是科研工作者不可避免的事情，即使是顶级的学者，也会遇到过自己辛苦研究并撰写的稿件被杂志拒稿的情况。稿件被拒不用担心，更不用怕，关键是我们要从中学习到一些经验教训，或者找到科研上的不足之处。通过总结拒稿意见，对自己的实验设计进行改进，对文章的写作进行修改，这样才能够使文章的水平提升一个档次。笔者在长期的投稿过程中遇到过无数次拒稿情况，通过不断总结不同杂志的拒稿意见，有了一些经验心得，在这里与大家分享。以下是期刊拒稿的常见原因和分析:
原因一: 投稿文章与所选期刊收录范围不匹配
英文生物医学期刊种类繁多，根据2013 年汤森路透公布的数据可以看出，SCI 杂志目前数量多达8411本，包括了生命科学和医学方面的各个方面。所以说选择一本恰当的期刊是一件十分困难的事情，但是这又是我们在论文发表过程中一个重要而不可避免的环节。
选择期刊应考虑的因素: 论文主题是否在刊物征稿范围内?论文格式是否符合刊物要求? 论文是否符合刊物的一贯口味? 关于期刊的声望问题: 期刊学术水平高其声望就高; 反之声望则低。生物医学工作者都希望科研成果发表在有声望的高质量生物医学期刊上。选择期刊的方法: 如果论文主题在一个很窄的分支学科内，那么选择范围只能限制在儿种刊物: 如果论文信息交叉了几个研究领域，则可有许多种选择。无论是哪种情况，先列出一个简单拟选期刊表，然后逐一对进行比较筛选，做出最后快择。
笔者在投稿过程中，经常会发现临床医生想发表病例报告的情况，但不知道如何选择合适的期刊。诚然，现在很多医生在临床实践中会发现一些罕见病例，分析其临床资料并结合相关文献会写出病例报告，然后投稿到某杂志。需要明确的是，很多杂志现在不倾向于接受，或者根本就不接受病例报告，在这种情况下，投出去的稿件必然会被退回。很多论文甚至在进行同行评审前就被完全退稿处理，其原因是论文不适合期刊的读者群或不符合期刊的目标和范围。所以我们投稿之前，一定要花费时间阅读期刊的收录范用(aims& scope),甚至可以下我历年发表的一些文献进行研究，以此观察各个杂志的偏好。
例1
Dear Dr.XXX:
Thank you for submitting your manuscript to the Journal of Hepatitis Monthly.
The mentioned manuscript has been evaluated by the editorial board and unfortunately due to following reason (s)we have decided not to send it out for further peer-review:
The topic is not related to our scope liver diseases.
Regarding the above reason (s),we return this manuscript to you without further delay in case you wish to submit it elsewhere.
We wish to thank you nonetheless,and look forward to your future submissions.
If there was any question,be free to ask us.
Kind Regards,
Prof. X X X
Editor-in-Chief
从拒稿意见下划线部分文字可以得知，此稿件研究内容和投稿杂志收录范围不符，通常这种情况下稿件在周左右的时间就会被杂志社退回。
例2
Dear Dr.XXX:
I write you in regards to manuscript # IO-11-13-1975 entitled "Osteoarticular allograft reconstruction after bone tumor resection with the assist of preoperative 3D planning and surgical navigation" which you submitted to International Orthopaedics.I regret to inform you that your manuscript was found not suitable for inclusion in our journal.
Thank you for considering International Orthopaedics for the publication of your research.I hope the outcome of this specific submission will not discourage you from the submission of future manuscripts.
Sincerely,
Prof.XXX
Editor-in-Chief,International Orthopaedics
在上述邮件内容中，包含了投稿文章的稿号、题目、投稿杂志以及主编对稿件的决定。然后主编再委婉地拒稿，认为投稿杂志"not suitable",并鼓励作者继续投该杂志。下面是审稿人对投稿杂志的审稿意见:
原因二：文章缺乏原创性、创新性或重要性
其体表现为：结果无概括性，无明确的研究结论；重复前人研究结果，未补充充实的专业知识和研究内容，结果无临床、理论或实际意义；与以往研究结果不一致，并且没有充足的证据来支撑得出的结论等。许多作者都喜欢引述“以前从未被研究过”（novel,the first time）
作为解释其论文具有重要价值的原因。这样做不是很好; 研究需要放在更广阔的背景中。
作者应提供研究具有重要性的具体原因，例如: 研究可影响某项具体的医疗措施，影响特定的政策讨论，或者可以改变传统的理论或观点。
例1
Dear Dr.XXX:
We have received the reports from our advisors on your manuscript JCRCO63 16 "Prognostic factors of survival in pathologic incomplete response patients with locally advanced breast cancer after neoadjuvant chemotherapy".
从题目中可以看出，作者的研究旨在寻找影响癌症的预后因素，因此此研究是否具有临床应用价值显得十分重要，如果文中不能够详细阐述此点，文章则很容易被拒。
原因三:实验设计存在较大缺陷
一个文章能否顺利发表除了考虑其创新性外，还取决于严谨科学的课题设计。无论是临床试验或者基础研究，在研究开始前一定要重视设计问题。笔者在审阅大量的文章中发现并总结了很多容易忽略的设计问题，具体表现为回答研究问题的方法设计不当; 所选方法无效或不可靠; 选择与研究问题不符的不正确方法或模型; 所选仪器不当或不达标等。
即使写得再好的论文也不能掩盖研究设计中的缺陷，而防止这种缺陷的最好方法是仔细进行文献查阅，以确定适合研究的最好方法和做法。
1.建模方法 动物模型经常会被应用到实验研究中，经过多年的科学研究，目前已有众名可行性和重复性好的动物模型。只要按照成熟的实验操作步骤进行，建立成功的动物模型是不难的，但我们在实际的实验中往往忽略了这一点。比如;
The authors use an animal model of autoimmune sensorineural hearing loss which is not well described.The experiments should be repeated.
Please find below specffc comments regarding different aspects of this manuscript.
Animal Model
Firstly they have not defined what they immunize the animals with.In the paper they reference (Gong et al,Acta Otolaryngol 2002; 122: 5-9) the inner ear antigen band used for immunization was 60KDa,In the present paper they used a 58kDa.Is it the same antigen? They should cut the band and do Mass Spectometry to identify the antigen used before repeating the experiments.
从拒稿意见中可以看出，“自身免疫性感音神经性聋”的动物模型已经成功构建并发表，有详细的建模步骤，而这位作者在其实验中采用了不同分子量的抗原，因此审稿人对此提出了质疑。
2.缺乏实验对照 临床实验或者基础研究中大多数情况下都需要设置对照实验，对照实验的作用包括比照说明、保证无关变量适宜、消除无关变量干扰等作用。一个课题设计如果缺少对照组，那么它的研究结果就存在不可靠性，无法令人信服。如下:
Reviewer #1:General comments :Moreover,they have not included a vehicle-only control in the immunization design.The method for the preparation of the antigen reads :"The 58-kDa band was cut out from the gel,ground and homogenized to prepare PIEAg".If this is what they did exactly the experiment lacks an essential in every immunization protocol vehicle-only control.In their case if this is polyacrylamide which is highly toxic.How do they know the hearing loss is not the effect of polyaclylamide.
3.实验过程描述不清
4.不符合人体和(或) 动物研究的伦理学规定人体或者动物试验中均涉及到有生命的研究对象，为此国际上也专门]制定了相应的伦理学要求，比如赫尔辛基宣言。此外，每个医院或者研究机构都设有动物实验伦理委员会，用于审查动物在使用过程中息否合规。严格按照伦理学规定进行试验，是需要引起我们格外正视的一个内容。否则，将会给将来投稿带了很大麻烦。
原因四: 投稿前论文准备不充分
具体表现为: 未遵守期刊对投稿文章的规定，包括“title page”、“abstract”、“introduction”、“reference”等; 句了表达不简练明确; 标题、摘要和/或投稿信无说服力; 大量的粗心错误，如错误的文法或拼字; 图表设计很差。
这里还要强调一下语言问题，笔者发现拒稿邮件里常提到一个英文语言问题，杂志社认为文章语言不够地道，建议找英语母语国家的专家进行语言修改，有时候还会提供一些SCI 论文编修公司的名称和链接。文章母语润色在国外是常规的做法。倘若耗时数月甚至数年的研究成果，仅仅因为语言问题，而错过发表在高影响因子杂志上的机会，从某种程度上是对此研究的不公; 而求助他人友情帮助修改，也可能会产生另一层负担: 由于是友情帮助，研究者往往在时间和修改质量上缺少主动权。事实上，寻找公司对文章语言进行润色是一个大趋势，可以明显弥补语言语法方面的问题。语言问题解决了，至少可以让审稿人看起来没有
歧义和障碍，无形中也增加了审稿人对文章的好感。
原因五: 拒稿原因不明确
笔者在从理众名的稳作中发现，有些情况下的拒稿原因是不明确的，比如说，期刊版面限制(因期刊版面限制而遭拒绝的高质量论文例子并不罕见); 同行评审的水平和经验;投稿量越大的期刊退稿量也越大；期刊的决策略（例知：某些期刊会拒绝所有需要更进行重大修改的论文。而另外些期刊则在不能确定论文质量的情况下重新进行轮同行评审）；期刊编辑在特定时间段内寻找特定主题的论文; 期刊收到多篇同一主题的论文。
例1:
Dear Mr/Mrs.X X X:
Your manuscript has been carefully reviewed by the editors.I am sorry to inform you that your manuscript has not received a sufficiently high priority rating to warrant acceptance for publication in the Cardiology Journal.Thank you for considering the CJ for publication of your article.We recognize the effort that went into your manuscript;however,due to spatial limitations,we are unable to publish many noteworthy manuscripts.
I regret that our decision is negative ，but I hope you will consider the Cardiology Jounal for future submissions.
Sincerely yours,
Editor-in-Chief
拒稿信中主编只提出稿件达不到“优先发表权”并且杂志社版面有限，不能够发表所欲投稿期刊。