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如何看待这篇论文发表在Science上?丨一家之言

BioArt2019-02-10 15:26:56

在今天在线的几篇Science论文中有这样的一篇论文引起了笔者的注意,论文是来自哈佛Dana-Farber肿瘤研究中心的全球顶尖癌症基因组学研究专家Matthew Meyerson实验室发表的一项最新成果,论文题为“Analysis of Fusobacterium persistence and antibiotic response in colorectal cancer”,对具核梭杆菌(Fusobacteria nucleatum)与结直肠癌的发生发展以及对抗生素的反应进行了深入的分析,并且提出今后对具核梭杆菌相关的结直肠癌的治疗提供了新的策略(下图)。



咋一看这个研究意义还是蛮重大的,尽管有很多人对肠道微生物的作用将信将疑,但是近些年来的很多研究都表明具核梭杆菌与结直肠癌的发生有很大的关联性(2012年两篇同时发表在Genome Research杂志上的论文以及稍后的一篇Plos ONE论文就说明了这一点,其中Matthew Meyerson实验室贡献了一篇。醒一下,这篇Plos ONE论文被引189次,你懂得)【1,2,3】,而且该肿瘤治疗后容易复发的一个原因就与该菌的诱导相关。此后一段时间陆陆续续有不少跟进性质的工作,直到2017年才有了一些较好的分子机制上的研究工作进入人们的视野。


比较有代表性的是今年七月份,上海交通大学仁济医院房静远教授团队在Cell上发表了相关论文,发现在肿瘤复发患者中肠菌具核梭杆菌含量明显升高,并明确了该菌诱导癌细胞自噬而导致化疗耐药与肿瘤的术后复发机制,从而引起大肠癌患者五年生存率降低【4】(详见:上交房静远组等Cell揭示肠道微生物与肿瘤化疗耐受的重要分子机理)。另外,2017年发表在Gastroenterology(复旦大学肿瘤研究所领衔完成,目前被引18次)Oncotarget(由西南医科大学领衔完成)杂志上的两篇也从另外的而角度阐述了具核梭杆菌促进肿瘤发生发展的分子机制【5,6】。


那么好了,上述列举的成果应该比较清楚的阐明了具核梭杆菌与结直肠癌的发生发展的相关性以及相关的分子机理。那么回到本文的题目来,Matthew Meyerson实验室的论文为何还可以发表到Science上?


很多人说,发CNS最关键的是要有新的concept,novelty要足够多,那么好了一眼看上去这篇Science论文似乎没有建立新的concept吧,novelty明显也不多,如果说有那就是除了具核梭杆菌还有一类其它细菌也可能与结直肠癌的发生发展相关(论文中提到了BacteroidesSelenomonasPrevotella species),另外用甲硝唑metronidazole,主要用于厌氧菌引起的感染的常用药) 对与具核梭杆菌关联的结直肠癌干预做了系统的实验(下图,左边是核梭杆菌阴性的结直肠癌使用甲硝唑的效果,没有明显变化,右图是阳性的有很显著的抑制肿瘤的作用)。



这里使用甲硝唑做实验并不代表今后治疗中可以直接使用,毕竟这是个广谱抗生素。


那么这篇论文的重点在哪呢?笔者看了原文后大致认为可能是检验了具核梭杆菌对结直肠癌实现远处转移的能力,相关工作做的比较系统,确实对于今后治疗具核梭杆菌相关联的结直肠癌提供了很好的模型。


但是,尽管如此,笔者认为上述结论中很多都是显而易见的,问题在于你能否做的深入和系统,发Science似乎有点小牵强,不过肯定是达到Cancer Cell的水平的。另外,房静远老师的这篇Cell论文在某种程度上可能会影响后面这篇Science的发表。从Science投稿发表的时间来看,第一次投稿是去年12月,今年8月重新投稿了一次,今年11月13号才接受,房静远组的Cell是今年1月投稿7月接受的。


以上观点仅代表个人,笔者并非肠道微生物与肿瘤领域的专家,只是在学习了解的过程中产生了一些自己的观点。也许有疑问的不止笔者一人,所以在此抛砖引玉,求教于更多有识之士。如果有同行对这篇Science论文有不同的看法,欢迎留言讨论或者给BioArt投稿(sinobioart@sina.com)。


参考文献:

1、 M. Castellarin, R. L. Warren, J. D. Freeman, L. Dreolini, M. Krzywinski, J. Strauss, R. Barnes, P. Watson, E. Allen-Vercoe, R. A. Moore, R. A. Holt, Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma. Genome Res. 22, 299–306 (2012). 

2、 A. D. Kostic, D. Gevers, C. S. Pedamallu, M. Michaud, F. Duke, A. M. Earl, A. I. Ojesina, J. Jung, A. J. Bass, J. Tabernero, J. Baselga, C. Liu, R. A. Shivdasani, S. Ogino, B. W. Birren, C. Huttenhower, W. S. Garrett, M. Meyerson, Genomic analysis identifies association of Fusobacterium with colorectal carcinoma. Genome Res. 22, 292–298 (2012). 

3、A. N. McCoy, F. Araújo-Pérez, A. Azcárate-Peril, J. J. Yeh, R. S. Sandler, T. O. Keku, Fusobacterium is associated with colorectal adenomas. PLOS ONE 8, e53653 (2013).

4、T. Yu, F. Guo, Y. Yu, T. Sun, D. Ma, J. Han, Y. Qian, I. Kryczek, D. Sun, N. Nagarsheth, Y. Chen, H. Chen, J. Hong, W. Zou, J.-Y. Fang, Fusobacterium nucleatum promotes chemoresistance to colorectal cancer by modulating autophagy. Cell 170, 548–563.e16 (2017). 

5、Y. Yang, W. Weng, J. Peng, L. Hong, L. Yang, Y. Toiyama, R. Gao, M. Liu, M. Yin, C. Pan, H. Li, B. Guo, Q. Zhu, Q. Wei, M.-P. Moyer, P. Wang, S. Cai, A. Goel, H. Qin, Y. Ma, Fusobacterium nucleatum increases proliferation of colorectal cancer cells and tumor development in mice by activating Toll-like receptor 4 signaling to nuclear factor-κB, and up-regulating expression of microRNA-21. Gastroenterology 152, 851–866.e24 (2017).

6、Y. Chen, Y. Peng, J. Yu, T. Chen, Y. Wu, L. Shi, Q. Li, J. Wu, X. Fu, Invasive Fusobacterium nucleatum activates beta-catenin signaling in colorectal cancer via a TLR4/P-PAK1 cascade. Oncotarget 8, 31802–31814 (2017).


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