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文章推荐|你发表第一篇英文 SCI 论文经历了怎样的过程?

大数据智能感知与计算实验室2019-05-14 13:24:09

摄影作者:浙江大学乐可帆


知乎小透明的我首答就收到那么多赞和感谢,甚至还有那么多收藏,真的惊吓过度hhhh


首先谢谢大家的鼓励与肯定!觉得这次科研那么顺利,运气真的是很重要的因素。不过还是我还是相信越努力越幸运吧hhhh~


然后我这个项目本身算是癌症系统生物学(数据挖掘)吧。主要工作是提出了这种方法去寻找癌症预后基因:利用某种数据去构建生物网络,然后来用该网络去寻找癌症中的关键基因吧,我们以后可以把这些关键致癌基因用于指导癌症病人治疗并且当作药物的潜在靶标。


那我今后可能不会选择走生信的方向(毕竟生物背景几乎为0,而且对这个领域也不是特别特别感兴趣)。以后读研的方向大概是data science,data mining,machine learning 这类的方向。现在在跟我们院统计的老师开始第二个科研项目,关于machine learning,大概是要提出一种新模型与新算法,现在还处在文献阅读状态。


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嗯知乎首答就献给这个问题了


本人背景是华中地区某211的信息与计算科学专业大三就读(2015级)。2016年10月份开始科研,2017年7月份把论文通过亚太地区的生信国际会议InCOB 2017(International conference of bioinformatics)投到了BMC genomics(IF 3.29),一次大修一次小修后被接收。2017年9月份受邀赴清华大学深圳研究生院参加InCOB并作了20min的口头报告。


嗯大概方向是生物信息,对生物一窍不通的我在项目起步的时候还在怀疑自己到底能不能做好,老师就用他自己的经历(本科计科,博士转到生信)安慰我说,说不需要任何生物基础,只要有一定数学和编程基础、会matlab就可以,后来发现真的是这样…


事情的大二刚开始,教我们数据结构课的老师说需要我们专业的同学帮忙做项目。因为福利太好(科研训练、工作补贴、发表论文、参加学术会议),并且老师是刚刚来学校工作一年多的讲师,正奋斗于科研一线,所以能给我们许多细节上的指导,比较容易上手。而且当时耍了个小心眼,因为我们学校生信专业很强,想到如果抱上了生物的大腿,自己以后申请立项便更从容些hhhh。就这样我便开始了所谓的“科研生涯”。


刚开始就是读读老师的博士论文啊和几篇相关的论文,后来就照着老师发的代码去修改补充然后运行。最开始运行的程序一次就要跑40+个小时,因为电脑跑起程序来耗电特别快,我还记得那个周抱着电脑四处充电,教室、图书馆、食堂、甚至晚上合唱团训练的时候也在“偷电”。然后也遭遇过跑了30+个小时了以后,因为晚上宿舍断电,然后大半夜耗尽了电自动关机……当时是真的有想砸电脑的冲动……不过后来终于跑完了出来了图像真的感动哭hhhh


后来就一点点推进项目,并组建了团队,然后用这个申请到了学校的本科科研经费(2000 块)后来有幸通过了国家级大创科研项目立项(20000 块)。


感觉这次科研经历其实学到了很多啊,我下面大概整理下有哪些。


1.基本的科学方法与研究思路。

像我们项目是提出一种解决的问题科学方法吧。所以大概思路是通过之前的balabala的前人研究,我们认为我们提出的这种方法也许是可行的;然后阐述这种方法具体是什么;然后就用实际的生物数据去从许多维度验证该方法的正确性。这其中包括了很多小的思想,比如说我这方法多么多么好必须要设立control group来比对啊;还有科研成果很重要的一点就是“可重复性”,即别人用同样的数据同样的方法可以产生跟你一模一样的结果,所以基于此如果使用了随机产生的数据就必须如实记录保存下来以供后人验证。


2.学术伦理与学术道德。

这次近距离接触才知道原来搞科研真的太容易造假了!尤其是我们这种只需要写写程序跑跑程序而且作用是提出新方法的科研项目,随便把数据和结果改成自己想要的就可以天衣无缝的蒙混过关啊!虽然科研强调“可重复性”,不过像我们这种小文章而且只有短短一个月审稿,是不可能完全重复我们的实验的。

但是我们并没有作假。老师在项目最开始就声色俱厉得跟我说,即使我们提出的方法有问题,结果没达到预期,也绝不可以造假。的确,在验证我们提出方法的正确性的时候,有几项测试我们的方法表现的不理想,这意味着我连续做了很久的东西将会没有任何意义,当时内心当时有种小阴暗说不妨伪造些数据骗过老师骗过审稿人巴拉巴拉的,不过后来我内心的光明面战胜了邪恶面,毅然决然的放弃掉快一个月的努力的成果!(hhhhh突然感觉自己的形象好伟岸啊!)


嗯这次科研经历后,真的对纯粹的科研工作者(造假的都不纯粹)肃然起敬!做科研真的需要很强的抗拒诱惑的自制力和那种对科学和真相保持虔诚的信仰啊!膜!


3.论文写作方法与英文写作能力

我的论文洋洋洒洒从2月写到了4月,大致经历了如下几个阶段。

(1)最开始就是找老师聊该怎么写啊然后拟好论文框架。这part还好,只是把思路捋清楚就好。


(2)然后花了两个礼拜时间写好了中文的框架。


(3)然后又花了两个礼拜翻译成了英文。


我刚才叙述的时候尽量保持冷静,可是我真的压抑不住啊喂!写论文真的超级折磨人啊!真的会面临到憋了一天不知道从哪写起的状态(我在哪?我是谁?我在做什么?)!写background真的是不知道该引用什么样的文献并且怎样引用然后去读了几十篇paper的abstract啊!英文写作垃圾的我得一句一句把写好的中文丢到Google翻译里翻译然后拿出来修改啊!(英语渣掩面逃走)跟老师的几次交涉都拿录音机全程录下来然后回去花好几倍时间一句一句慢慢整理出来!制作整理论文图像的时候一点审美都没有的我真的连想死的心都有了啊!等等等等


写论文真的要比做项目更折磨人!


那段时间真的是除了正常的生活起居和上课都在写论文,心无旁骛六根清净,现在想想那时候的状态觉得也挺怀念的,才知道原来自己可以被激发出那么大的潜能hhh!


这次论文写作经历不仅让我掌握了学术论文写作的原则和技巧从而以后让我从心理上不再惧怕任何的课程论文毕业论文balabala,还增强了我的抗挫能力,培养了我专注的品质。重要的是还极大了提升了我一个英语渣的英文写作能力hhh(还有两个月就考雅思了但愿写作能上6,请大家祝福我么么)


4.多线程学习工作的能力。

大概是4月底投的稿,六月底就期末考试周之前几天发来major revision大修的审稿意见,大修大概是审稿人大体认可你的工作和成果,不过你的实验上存在某些缺陷(被审稿人怼哭),需要在原有的实验基础上多用几种方法去验证、多拿几组数据去实验。然后大修好的稿子必须在两个周之内发回审稿方,逾期视作放弃。


于是,还记得考试周前一个礼拜完全没有课,白天去图书馆复习功课准备考试,晚上10点图书馆闭馆后就去老师办公室旁边的讨论室按要求加实验改论文,每天都要到凌晨一二点,有几天我嫌太晚懒得回寝室就在沙发上睡上几个小时(被蚊子咬成筛子)第二天脸都不洗就去图书馆继续。。。


那段时间真的是昏暗啊,昼夜颠倒,学到呕吐,不过好在有信念撑着我——我一定要坚持把实验做完把论文改完,我!要!发!S!C!I!啊啊啊啊


这是论文最后终稿,下面是期末考试结束后发来的审稿通过的通知。


当时也没有很兴奋吧,就是在图书馆阅览室里大叫了出来,旁边所有人同时转头盯着我看。


庆幸的是期末考试成绩也没有因此受影响,只有两门课80+,其他科目都是满绩。(老天还算是开眼!)



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总结:大二一年有幸跟老师完整的走完一个完整的科研周期(读论文-实验-写论文-投稿-改稿-审稿通过-参加学术会议-作口头报告),体验了一把科研工作者的日常,真是无比的充(pi)实(bei)与幸(zhe)福(mo)。


也真的很庆幸自己遇到了一个特别特别特别特别好的老师,没有他我不相信自己可以发出这篇文章。还记得深夜12点老师不睡觉在跟我讨论问题听我汇报结果,也记得明明到了晚饭时间老师不回家在线解答我的疑问。他的认真专注和勤奋也深深感染了我,每当想偷懒的时候就质问自己老师都在工作我有什么理由可以停下。甚至有一段时间因为他我也想作一名老师,用自己的一言一行去影响自己的学生像他对我影响的那样。一年里跟老师的相处真的收获了太多感动与力量,师恩似海,这段记忆我会一直珍藏于心底,并会带着他在我头脑中点亮的智慧、他身上的优秀的品质、与深厚的恩情继续上路!老师,这一年带我也是辛苦您了,也希望您以后工作顺利,桃李满天下!


最后希望我的这篇随笔可以激励到一些的学弟学妹们去尝试科研项目甚至去发paper,不论今后要不要走学术道路,我觉得这种经历本身就是一种财富吧,这些从科研中培养出的精神品质也会深刻的影响你今后的工作和生活吧。


William Who

2017.10.5                                               


作者:William Who

来源:知乎

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