如何发表高质量论文?

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人们常说,衡量一位老师是看他如何教书育人,提拔一位军人是看他立了多少战功,而评价一位科研人员的业绩是看他发表了多少论著。


现如今,医生不仅仅担负着救死扶伤的重任,还同时兼具着科研人员的职责。那么如何发表高质量论文呢?在 8 月举行的中华医学会内分泌学学术年会上,来自上海交通大学医学院附属瑞金医院的叶蕾教授,以她自己发表在 Nat Commun 的一篇文章为例,分享了她的科研之路,在会后叶教授也向丁香智汇记者就在繁忙工作压力下,如何发表高质量论文?这一话题进行了分享。



女学霸的科研之路:起起伏伏

2001 年,年轻的叶蕾来到上海瑞金医院师从宁光院士开始了她的研究生生涯,基于医院珍贵的医疗资源,叶蕾选择了胸腺类癌分泌 ACTH 的机制和遗传性尿崩症的致病基因两个课题着手开始研究,在此期间叶蕾共发表了两篇第一作者文章,一篇是 Journal of Endocrinology 影响因子 3 分,另一篇是 JCEM,影响因子 5 分,在那时,这样的成绩已经是非常了不得了。


博士毕业之后,叶蕾选择出国深造,师从甲状腺髓样癌方面领域的大师 Robert Gagel 教授。好的导师,好的环境资源,再加上叶蕾在研究生期间所累积的科研经验,她本以为可以发出更好更高级别的文章,但是在美国的两年零八个月之后,基于对甲状腺髓样癌的发病机制的研究,最终叶蕾以第一作者仅发表了一篇 JCEM


这个成果并没有让叶蕾觉得太高兴,因为原地踏步是每个科研人都烦恼的事情。但是基于 Robert Gagel 教授在甲状腺髓样癌与内分泌肿瘤靶向治疗方面深厚的造诣,紧接着,叶蕾再接再厉,在 Robert Gagel 教授的指导下,共同发表了一篇关于酪氨酸激酶受体抑制剂治疗内分泌肿瘤的综述,刊登在 Endocrine Reviews 杂志上。


 Nat Commun发表经验:

高质量文章绝非一朝一夕


国自然被拒,挫折让她重新选择研究方向

学成归国之后,叶蕾开始带研究生。


新的起点使得叶蕾意气风发,考虑到之前所做的罕见病研究多次在申请国家自然科学基金时失败,她决定把重心放到常见病中,积累经验。在2009年的时候肿瘤领域对于微环境的研究如巨噬细胞是非常热门的,但是在甲状腺癌中做的非常少。于是叶蕾就追随潮流,开始着手甲状腺癌的研究,然而直到2014年,最好的文章也仅仅是发表在了肿瘤学杂志Carcinogenesis上,影响因子6分。


摈弃一味模仿,由小问题

引申出来的大智慧


宁光院士提的小问题

这并不是叶蕾想要的结果,她也慢慢发现,如果一味的模仿,即使实验做得再完整,没有创新的科学问题和精妙的实验设计,最后也还是不能达到自己目标。而在同时期的瑞金,已经有一批影响因子十分以上的文章产出,甚至还有一篇Science,顿时让她压力倍增。


然而契机总是给有准备的人准备的,灵感也只会降临在勤奋思考的大脑。在2014年6月份的一次讨论中,宁光院士无意间问了叶蕾一个问题:良性结节会不会变成癌?


实际上,研究甲状腺癌的同道都清楚,对于滤泡细胞而言,往下发展到一个良性的肿瘤叫腺瘤,再往下发展就是滤泡状癌,但是甲状腺状癌普遍的认知是并没有中间过程,就是从甲状腺滤泡细胞过来的,所以大家都认为状癌和结节是没有关系的。


叶蕾很清楚,自己的导师在科学研究方面是以严谨著称的,用这种「普遍的认知」回答宁光院士的问题,绝对不行。于是她结合宁光院士的研究,开始了深入的思考查证之旅。非常意外的是,竟然没有发现强有力的证据,文献中仅有短期的人群前瞻性研究以及个别基因的分子研究提示状癌与结节没有关系。


从小问题中延伸出来的Nat Commun文章

那时候,遗传进化树分析已经广泛应用于癌与癌前病变以及转移灶之间的关系研究,这项技术不仅可以进行全基因组测序,还可以检测外显子的突变。有了这样一个工具,结合所查阅到的资料和感兴趣的问题,叶蕾提出了这样的科研问题:甲状腺良性结节与甲状腺状癌之间是否有遗传进化关系?


接下来的问题就是选择什么样的结节,要对比良性结节与甲状腺状癌之间的关系,那么这两者的遗传关系和环境因素势必要一致,所以一定是来自同一个体。另一方面,因为部分腺瘤样结节在穿刺细胞学中很难进行良恶性鉴别,因此选择了非肿瘤性病变的腺瘤样结节作为标本,又叫结节性甲状腺肿。


在王卫庆教授的领导下,叶蕾与其他团队成员共同努力,首先收集了 20 例同时伴有腺瘤样结节与甲状腺状癌的患者,进一步比较结节、癌、正常对照的体细胞突变谱与转录组数据。在做良性结节遗传学分析时,依照惯例做了全基因组突变图谱,发现原本以为是环境因素导致的良性结节,居然发现了其中三个基因都出现了非常高频的变异,峰回路转,发现了良性结节的致病基因,这原本被大家所忽略的一个话题。


紧接着,叶蕾做了遗传进化分析,发现大部分遗传进化树从一开始就是分开的,这也是第一次从基因组学层面证明良性结节和甲状腺状癌是完全没有关系的。并终于将文章发表在了 Nat Commun 上。

 

回首一路的科研历程,叶蕾认为医生由于其职业的特殊性,琐碎和繁忙的临床工作可能已经占据了大部分的时间和精力,在这样的环境下,就需要明确自己在科研方面的目标,如果目标是发表高质量论文,那么一定要提出最重要的问题,并设计真正能回答重要问题的研究,绝不能降低要求,有一个科研人的严谨态度。


同时,在当今时代,单枪匹马是不可能有所作为的,每一篇高质量论文的背后都必须有一个高效团结的团队。所以,如果没有宁光院士与王卫庆教授领导的瑞金内分泌团队的支持,叶蕾坦言「这项研究是不可能设计并完成的」。


她最后说道

实际上,每个人的职业生涯二、三十年的时间只要有一个好的发现就足够了,专注于一点,相信每个临床医生都可以发表出高质量的论文。


封面图片来源「视觉中国」

编辑|千月、赵辉

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